根据《中共中央国务院关于上海市人民政府机构改革方案的通知》(中委(2000)64号)的规定，设置上海市监狱管理局。上海市监狱管理局是上海市司法局管理的负责全市监狱工作的行政机构。
　　主要职责如下：
　　(一)贯彻执行有关监狱工作的方针、政策和法律、法规、规章；研究制定本市狱政管理和罪犯教育改造、劳动生产、生活卫生等方面的规章制度。
　　(二)指导监狱正确执行刑罚、依法治监，提高监狱管理水平，创建现代化文明监狱。
　　(三)拟定监狱的布局规划和新建、改建、扩建方案，经批准后组织实施。
　　(四)负责规划、部署监狱系统的经济工作，管理所属单位的生产、财务、基建等工作。
　　(五)负责编制、申报监狱系统的人民警察经费、罪犯改造经费及其他各项经费。
　　(六)负责本市监狱系统国有资产的管理。
　　(七)负责监狱人民警察的配备、教育、培训、奖惩工作，负责干警队伍建设、职工管理和劳动保护工作。
　　(八)参与社会治安综合治理工作，组织对在押罪犯的社会帮教和刑满释放人员的接茬帮教工作。
　　(九)承办市政府交办的其它事项。
　　根据上述主要职责，上海市监狱管理局设17个职能处(室)和政治部，即：
　　(一)办公室(政策研究室)
　　(二)狱政管理一处
　　(三)狱政管理二处
　　(四)教育改造处
　　(五)生活卫生处
　　(六)综合治理办公室
　　(七)公安处
　　(八)计划财务处(基建处)
　　(九)生产管理处
　　(十)科技开发处
　　(十一)劳动工资处
　　(十二)技术装备处
　　(十三)审计室
　　(十四)组织宣传处
　　(十五)干部人事处
　　(十六)老干部处
　　(十七)社区工作处
　　(十八)政治部